Το 2000 ήταν για την
σε δέκα προορισμούς εκτός Αθηνών, με 9 ιδιόκτητα αεροσκάφη που εκτελούν 82 πτήσεις την ημέρα.
Η Aegean Airlines κατέχει μερίδιο 32-35% της εσωτερικής αγοράς και 37% στις πωλήσεις του BSP εσωτερικού. Το 2000 μετέφερε πάνω από 1.600.000 επιβάτες και ήταν η πρώτη εταιρία που εισήγαγε με μεγάλη επιτυχία την Διακεκριμένη Θέση σε όλους τους προορισμούς εσωτερικού που εκτελούνται με τα τελευταίου τύπου αεροσκάφη της, τα τετρακινητήρια AVRO RJ 100.
Στόχος της εταιρίας ήταν η παροχή υπηρεσιών υψηλής ποιότητας με ιδιαίτερο αίσθημα ευθύνης σχετικά με την ασφάλεια και ό,τι αυτό συνεπάγεται.
Το μεγαλύτερο όμως μέλημά της Aegean ήταν οι σχέσεις της με την ταξιδιωτική αγορά που άρχισαν τον Μάιο του 1999 με τις καλύτερες προϋποθέσεις και συνεχίστηκαν μέσα στο 2000 με επιστέγασμα το μεγάλο ποσοστό που αναλογεί στις πωλήσεις της. Στόχος της για το 2001 είναι η σχέση αυτή να συνεχιστεί και η εταιρία να ενεργοποιηθεί σε επιλεγμένους προορισμούς εξωτερικού.